清洗色谱柱可采用色谱柱冲洗装置把溶剂注入色谱柱，该装置接有一个有压力的气源上（氦气或氮气），并把色谱柱插到冲洗装置中，把溶剂加入样品瓶里，往溶剂瓶中施加压力，把溶剂压到毛细管色谱柱里，残留物溶解到溶剂中，然后用溶剂把它反吹出色谱柱，再用容积吹扫色谱柱，并把色谱柱进行适当的老化处理。

在冲洗色谱柱之前，把它切去半米（即靠近进样口一端），把连接检测器的一端插入溶剂冲洗装置，常使用多种溶剂冲洗色谱柱，后面继续使用的溶剂必须要和前一种溶剂互溶，一定不要使用高沸点溶剂，特别是zui后使用的溶剂，溶解样品的溶剂常常是的选择。

决多数情况下建议使用甲醇、二氯甲烷和己烷。丙酮是二氯甲烷的代替品（在避免使用含氯溶剂时），但是二氯甲烷是一种的冲洗溶剂，如果注射的是水性样品（如生物液体和组织），在使用甲醇以前要用水来冲洗，一些源于水性样品的残留物只能溶解在水中而不溶于有机溶剂。应当使用水和醇类（如甲醇、乙醇和异丙醇）冲洗键和聚乙二醇为基的固定相，只作为zui后使用的溶剂。